La LPO Aveyron travaille sur plusieurs sites Natura 2000 en partenariat avec les structures animatrices désignées pour chacun d’entre eux. Ses actions portent sur :
- la réalisation d’inventaires ou suivis spécifiques d’espèces (chauves-souris, Grand-duc d’Europe, odonates, cortège avifaunistiques, etc.),
- la participation à l’élaboration de supports de communication (panneaux, plaquettes, etc.)
- la réalisation de sorties nature,
- la participation à la mise en place de mesures agro-environnementales et climatiques.
Elle contribue ainsi à l’animation des Zones Spéciales de Conservation suivantes :
- ZSC « étangs du Ségala », ZSC « Vieux arbres de la haute vallée de l’Aveyron et des abords du Causse Comtal », ZSC « Causse Comtal » (ces sites sont actuellement animés par le bureau d’étude Rural Concept)
- ZSC « Puy du Wolf » (ce site est actuellement animé par le CPIE du Rouergue)
- ZSC « Haute vallée du Lot entre Espalion et Saint Laurent d’Olt et gorges de la Truyère, basse vallée du Lot et le Goul » (ce site est actuellement animé par le Parc naturel régional de l’Aubrac)
- ZSC « Cirque et grotte du boundoulaou », ZSC « Vallée du Tarn de Brousse jusqu’aux gorges », ZPS « Gorges du Tarn et de la Jonte », ZPS « gorges de la Dourbie et Causses avoisinants » (ces sites sont animés par le Parc naturel régional des Grands Causses).